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对样品一级质谱图分析得到精确分子量，根据一级质谱信息打二级质谱，得到碎片离子图，根据离子图信息验证序列。

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蛋白质全谱分析：质谱shotgun分析，指的是组分分析，研究对象是完整的组织、体液或其提取物，其目的在于鉴定出尽可能多的肽和蛋白质分子。可全面鉴定整个细胞、组织或复杂混合样品的大量蛋白质。

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蛋白质数据分析服务项目包括质谱数据深度分析、蛋白质注释及功能分析、蛋白质相互作用网络构建及分析、候选疾病标志物发现(蛋白质表达模式建模)、潜在药靶发现和专业数据库研发等。

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免疫印迹已成为蛋白分析的一种常规技术。常用于鉴定某种蛋白，并能对蛋白进行定性和半定量分析。

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蛋白质组研究的发展以双向电泳技术作为核心。双向电泳由O. Farrell’s于1975年首次建立并成功地分离约1000个E.coli蛋白，并表明蛋白质谱不是稳定的，而是随环境而变化。

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牛蛋白检测IFNγ (干扰素γ) IL-1β (白细胞介素 1β) IL-2 (白细胞介素 2) IL-4 (白细胞介素 4) IL-6 (白细胞介素 6) ...

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凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSA-electrophoretic mobility shift assay）是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。

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基于质谱多反应监测技术的目标蛋白分析，作为一种高特异性、高灵敏度的质谱数据获取方式，可以有目标地分析检测那些被认为可能与特殊功能相关的关键蛋白在大规模样本中的表达量

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